日本撸全色网 本领先容 | DAP-seq本领及过程先容

转录因子（TF）是大要与顺式作用元件特异性相互作用，并对基因转录进行激活或贬抑的DNA统一卵白；转录因子统一位点（TFBS）是转录因子调度基因抒发时日本撸全色网，与基因模板链发生统一的特定区域（5-20bp）；一个TF不错同期调控多个基因，其在不同基因上的TFBS具有一定的保守性。

通过全基因组范畴内坚定转录因子统一位点，不错更全面地了解转录因子是如安在基因组上聘请特定的位置进行统一，从而竣事对基因抒发的精炼调控，这关于揭示转录因子在各式生物过程中的作用机制具有遑急作用。DAP-seq不错通过统一DNA-体外卵白相互作用现实和高通量测序，大要高效精确地坚定TFBS，DAP-seq通过在体外环境中重建DNA-卵白相互作用，使得现实操作方便并能排斥细胞环境对统一事件的干与(O’Malley et al.2016)。

Fig1：DAP-seq本领旨趣

DAP-seq本领先容

DAP-seq（DNA亲和纯化测序），是一种高效的体外坚定转录因子统一位点（TFBS）的步调；该步调是通过将体外抒发的转录因子（TF）和基因组DNA进行亲和纯化，然后将TF捕捉到的DNA片断进行高通量测序，通过对高通量测序得到的序列数据进行分析细则感兴味的TFBS(Bartlett et al.2017)。

本领优过错：DAP-seq本领给与体外抒发标签卵白（多为TF），将纯化卵白与方针基因组DNA片断孵育进而细则卵白统一序列片断，因此不需要特异性抗体，不需要转基因，可用于莫得褂讪遗传升沉体系的物种和莫得特异性抗体的方针卵白；但过错是DAP-seq是体外现实，况兼是统一片断的基因组DNA（仍是莫得了体内的空间和结构信息），因此无法真正反应体内转录因子与DNA的互作。

DAP-seq本领过程

1)基因组文库构建：最初，从样品中索求高质地的基因组 DNA，并将其进行物理或酶切片断化。随后，通过斡旋基于 Illumina 平台的测序筹划，构建基因组 DNA 文库。这一册领确保了 DNA 片断的端缔造、加 A 尾及斡旋测序筹划的竣工性，为后续的高通量测序奠定基础。

2) 转录因子体外抒发纯化：将编码方针转录因子的 CDS（Coding DNA Sequence）序列克隆到带有亲和标签（如 Halo Tag）的抒发载体中。构建完成后，将其转入相宜的抒发系统中进行体外卵白抒发。通过这种姿色，咱们不错得回交融了亲和标签的转录因子卵白，以便后续的亲和纯化和分析。

3) 亲和纯化及测序：纯化抒发的转录因子-亲和标签交融卵白后，将其与事前构建的基因组 DNA 文库共同孵育。交融卵白中的转录因子大要特异性地统一 DNA 片断上的方针序列。运用 Halo Tag 特异性磁珠进行亲和纯化，从混杂物中索求出统一了方针 DNA 的卵白-DNA 复合物。然后，通过 PCR 扩增拿获的 DNA 片断，最终使用 Illumina 高通量测序平台进行测序，以得回高质地的序列数据。

4) 数据分析：将得回的测序读数与参考基因组进行比对分析，识别出方针转录因子的潜在统一位点。通过生物信息学分析，不错进一步了解这些统一位点在基因组中的漫衍特殊皮调控基因抒发中的潜在功能。这么不错匡助咱们真切默契转录因子的生物学作用特殊调控机制。

Fig2：DAP-seq本领过程

经典案例

案例一：解码玉米胚乳分化的基因调控荟萃

运筹帷幄使用ampDAP-seq本领得回了161个转录因子的基因组统一图谱，与单细胞转录组数据整合构建了一个高置信度的基因调控荟萃，通过进一步的调控荟萃分析，运筹帷幄筛选出了细胞类型特异的要害调控因子，并考证了其在BETL细胞发育中的租用，为农业运筹帷幄提供了针对性的调控荟萃数据(Yuan et al.2024)。

Fig3：高置信度玉米调控荟萃的重建

案例二：OsMYB8的当然变异赋予了籼稻和粳稻亚种之间的白日着花时间互异

运筹帷幄将OsMYB8细则为水稻白日着花时间（DFOT）的要害调度因子，通过DAP-seq过程分析并现实考证确认了OsMYB8指示JA-Ile合成酶OsJAR1的转录，从而调度细胞浸透压和细胞壁重塑关联基因的抒发，促进小花绽开；运筹帷幄效用揭示了OsMYB8-OsJAR1模块，该模块调控籼稻和粳稻的互异DFOT，为早期DFOT粳稻杂交种提供了计谋，以促进籼稻-粳稻杂交种的育种(Gou et al. 2024)

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Fig4：OsMYB8转录因子全基因组靶见解坚定

参考文件

Bartlett, Anna, et al. ‘Mapping Genome-Wide Transcription-Factor Binding Sites Using DAP-Seq’. Nature Protocols, vol. 12, no. 8, Aug. 2017, pp. 1659–72. 14.8, https://doi.org/10.1038/nprot.2017.055.O’Malley, Ronan C., et al. ‘Cistrome and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape’. Cell, vol. 165, no. 5, May 2016, pp. 1280–92. 64.5, https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.04.038.Yuan, Yue日本撸全色网, et al. ‘Decoding the Gene Regulatory Network of Endosperm Differentiation in Maize’. Nature Communications, vol. 15, no. 1, Jan. 2024, p. 34. 16.6, https://doi.org/10.1038/s41467-023-44369-7.Gou, Yajun, et al. ‘Natural Variation in OsMYB8 Confers Diurnal Floret Opening Time Divergence between Indica and Japonica Subspecies’. Nature Communications, vol. 15, no. 1, Mar. 2024, p. 2262. 16.6, https://doi.org/10.1038/s41467-024-46579-z.